Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak dan Keluarga Berencana Provinsi Sumatera Utara terbentuk berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Sumatera Utara nomor 8 tahun 2022 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Sumatera Utara. Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak dan Keluarga Berencana Provinsi Sumatera Utara merupakan penggabungan dari dua Dinas, yaitu Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Provinsi Sumatera Utara dengan Dinas Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana Provinsi Sumatera Utara yang digabung menjadi satu dinas berdasarkan Peraturan Daerah Sumatera Utara Nomor 8 Tahun 2022.
Awalnya Organisasi ini bernama Biro Pemberdayaan Perempuan, Anak dan Keluarga Berencana Sekretariat Daerah Provinsi Sumatera Utara yang terbentuk sesuai dengan Peraturan Daerah nomor 7 tahun 2008 tentang Sekretariat Daerah dan Sekretariat DPRD Provinsi Sumatera Utara. Namun pada tahun 2017 organisasi berkembang menjadi dua Dinas yaitu Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak Provsu dan Dinas Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana Provsu sesuai dengan Peraturan Daerah Sumatera Utara Nomor 6 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Sumatera Utara